تأسست الجامعة في العام 2004م/1425هـ بموجب تصريح وزارة التعليم العالي والبحث العلمي رقم (477) لعام 2004م بقسمي العلوم القرآنية والعلوم الشرعية ، وفي 27/3/2006م صدر قرار رقم(2) بشأن الاستمرارية في مزاولة النشاط الأكاديمي تحت مسمى كلية العلوم الإسلامية والتطبيقية .
ونظرا لنمو سوق العمل وزيادة متطلباته من الكفاءات المؤهلة والمتخصصة ، تبنى مجلس الأمناء مشروع فتح أقسام جديدة ضمن ما يعرف بالعلوم التطبيقية والطبية فصارت الجامعة صرحا علميا يضم كليات عدة ، اعتمدت بقرار وزارة التعليم العالي رقم (227) لعام 2013م بتحويل كلية العلوم الإسلامية والتطبيقية إلى جامعة السعيد .